Ministerstvo zdravotnictví díky prostředkům z EU fondů realizovalo 293 projektů v hodnotě 25,6 miliard korun. Využity byly především na výstavby nových pavilonů, rekonstrukce i na pořízení přístrojů

Evropské fondy představují pro Českou republiku významný zdroj financí na realizaci rozvojových projektů včetně těch v oblasti zdravotnictví. Čerpání prostředků z Evropské unie významně přispívá mimo jiné k modernizaci přímo řízených organizací Ministerstva zdravotnictví, mezi které patří zejména fakultní nemocnice, psychiatrické nemocnice nebo například organizace jako je Institut postgraduálního vzdělávání ve zdravotnictví a Ústav zdravotnických informací a statistiky. Tyto organizace dohromady realizovaly v minulém programovém období kohezní politiky Evropské unie 2014-2020, které bylo ukončeno k 31. 12. 2023, celkem 293 projektů v celkové hodnotě 25,6 miliard Kč. Prostředky byly využity především na stavby, rekonstrukce a pořízení zdravotnických přístrojů v rámci modernizovaných oddělení.

Mezi největší akce patří například výstavby nových psychiatrických pavilonů ve Fakultní nemocnici Ostrava, Fakultní nemocnici Plzeň a Fakultní nemocnici Brno v celkové hodnotě 1,57 miliard Kč. Ministerstvo zdravotnictví také úspěšně využilo prostředky z finančního nástroje REACT-EU vytvořeného Evropskou unií v reakci na pandemii covid-19. Nemocnice s urgentními příjmy typu I. (tj. většina fakultních nemocnic včetně těch pražských) získala dotace až ve výši 0,5 miliard Kč. Celkově do příspěvkových organizací z tohoto nástroje putovalo 8,4 miliard Kč.  

Podpořeny byly také projekty zaměřené na oblast energeticky úsporných opatření zdravotnických budov, čímž se zdravotnictví stalo nejvíce dotovaným resortem v rámci Operačního programu Životní prostředí 2014-2020. Zde dominují svým rozsahem projekty Fakultní nemocnice v Motole, Nemocnice na Homolce, Psychiatrické nemocnice Bohnice a několika pavilónů Fakultní Thomayerovy nemocnice.

Možnosti získání evropských peněz samozřejmě nekončí. Z operačních programů pro období 2021–2027 a nového nástroje – Národního plánu obnovy – už jsou nyní v resortu zdravotnictví primárně ze strany přímo řízených organizací Ministerstva zdravotnictví schváleny a realizovány projekty za cca 15,87 miliard Kč. Například 2,35 miliard Kč z Národního plánu obnovy má přispět ke zvýšení kyberbezpečnosti a rozvoji IT a e-health. Mezi podporované oblasti je nově zařazeno například zvýšení kvality a dostupnosti následné péče nebo podpora rehabilitační péče pro pacienty po kritických stavech.